Dopo aver ottenuto un grande riconoscimento sia dalla critica che dal pubblico in un periodo di cambiamento e dopo la cattedra di Francoforte tra il 1928 e il 1933, che aveva dato adito a grandi speranze per il futuro, la situazione in Germania è completamente mutata: l'arte di Willi Baumeister viene improvvisamente considerata malata e la mostra Entartete Kunst (Arte degenerata), tenutasi a Monaco di Baviera nel 1937, vede la presenza di quattro delle sue opere.
Durante un periodo di tempo indefinibile non avrà più la possibilità di svilupparsi artisticamente per il grande pubblico tedesco: al momento la nostra situazione è disperata (Baumeister a Julius Bissier l'11/04/1934). Un altro brano della stessa lettera sorprende tuttavia per il suo ottimismo: sono però fermamente convinto che un giorno si avrà necessità di noi e non dei banali imbrattatele che si piegano davanti all'opinione dominante della plebe.
Per comprendere come Baumeister e la sua famiglia abbiano vissuto gli anni della guerra, consultare il periodo bellico nel diario.
Senza limitazioni all'estero
Nel 1934 Baumeister partecipa alla mostra Neue Deutsche Malerei Malerei (Nuova pittura tedesca) di Zurigo; in autunno viene pubblicata una seconda monografia dopo quella del 1931, questa volta ad opera di Eduardo Westerdahl. Nel 1935 si tengono due mostre personali a Milano e Roma. All'inizio del 1937 prende parte ad una mostra di arte costruttivista a Basilea e, contemporaneamente alla mostra Entartete Kunst (Arte degenerata), espone a Parigi con il titolo Unabhängige Kunst (Arte indipendente).
Nell'autunno del 1937, dopo lungo tempo, si reca nuovamente Parigi, dove incontra gli amici Fernand Léger e Le Corbusier.
Il 50° compleanno
Nel 1938 Baumeister affida un gran numero di quadri alla Kunsthalle di Basilea, in modo da sottrarli ai nazionalsocialisti. Nel luglio 1938 partecipa a Londra alla mostra dedicata a pittori in esilio Twentieth Century German Art. Infine, nel gennaio 1939, il giorno del suo 50° compleanno, la galleria parigina Jeanne Bucher inaugura in sua presenza una mostra personale con le sue opere più recenti.
Arte preistorica
Sin dalla metà degli anni Venti Baumeister si era interessato alla pittura rupestre, e successivamente a qualsiasi tipo di arte preistorica; tale circostanza influenzerà la sua opera, così come nel caso di numerosi altri artisti del XX secolo. A partire dal 1935 prende parte a frequenti scavi archeologici, grazie ai quali gradualmente riunirà una propria collezione di reperti preistorici ed extraeuropei.
Il periodo bellico
Nell'autunno del 1939, allo scoppio della Seconda Guerra Mondiale, Willi Baumeister si trova sul Lago di Costanza. Nel 1940 si trasferisce nel nuovo studio situato in Diemershalde a Stoccarda. Durante il periodo bellico l'attività pittorica diventa sempre difficoltosa a causa della scarsità di tele e colori, per cui come superficie usa con sempre maggiore frequenza il cartoncino, prima di essere costretto a dedicarsi al disegno. All'inizio del 1941 gli viene inoltre imposto il divieto di dipingere e di esporre: ...non è facile sopportare le depressioni di questo periodo, che va avanti da ben sette anni. Probabilmente non potrò più esporre pubblicamente le mie opere; ciò significa che lavoro esclusivamente per me stesso. Per sfuggire alla depressione, nell'ottobre del 1941 si reca con la famiglia per alcuni giorni in Italia.
Perdite personali
Nel giugno 1940 muore Paul Klee, artista molto ammirato da Baumeister e che ne ha ispirato profondamente lo stile. Nell'aprile del 1943 rimane molto colpito dalla morte dell'amico Oskar Schlemmer: ... mentre le bombe cadevano e il fuoco della contraerea tuonava, io pensavo sempre all'amico scomparso (diario, 13/04/1943) Anche ora penso al corpo che giace morto, che in vita trasmise tanto e che fu in grado di creare una tale opera artistica (lettera a H. Herrmann, 14/04/1943).
Un artista europeo in una fabbrica di vernici
Nel 1936, tramite l'amico architetto Heinz Rasch, Will Baumeister conosce il proprietario di una fabbrica di vernici di Wuppertal, il Dr. Kurt Herberts, che lo assume nel 1937. Accanto a lui lavorano altri artisti proscritti dal regime nazista: Franz Krause, Alfred Lörcher, Georg Muche ed Oskar Schlemmer, oltre allo storico dell'arte Hans Hildebrandt. Nonostante il divieto e la sorveglianza permanente a cui è sottoposto, oltre a lavorare nella fabbrica di vernici Baumeister riesce a proseguire la propria attività artistica, creando ad esempio tavole pubblicitarie per esposizioni e scatole laccate.
Nel corso del suo lavoro con le pitture murali presso Herberts emerge la necessità di studiare le tecniche pittoriche antiche e moderne: grazie a queste ricerche tra il 1933 e il 1944 escono cinque pubblicazioni, edite a nome del Dr. Kurt Herberts, tra cui 10.000 Jahre Malerei und ihre Werkstoffe (10.000 anni di pittura e le sue materie, 1939), Anfänge der Malerei (I primordi della pittura, 1941) e Modulation und Patina (Modulazione e patina, 1937-1944). In questi libri Baumeister coglie anche la possibilità di pubblicare alcune delle sue opere, seppure in forma anonima; nessuno si scandalizza per questa forma di arte degenerata!
L'ignoto nell'arte
Willi Baumeister riesce a sfruttare i tempi difficili: dal 1943 al 1944 lavora quasi quotidianamente al manoscritto Das Unbekannte in der Kunst (L'ignoto nell'arte), rielaborato nel 1945 e pubblicato nel 1947.
Le fine: un inizio!
Quando nel 1943 i bombardamenti distruggono prima i locali di Wuppertal e successivamente l'abitazione di Baumeister a Stoccarda, con la famiglia si trasferisce ad Urach, nel Giura Svevo. Nell'aprile 1945 trova riparo, con la moglie e le figlie, presso la casa dell'amico pittore Max Ackermann (1887–1975) sul Lago di Costanza, per sfuggire all'obbligo di arruolarsi nella milizia popolare Volkssturm e alla possibile corte marziale. L'8 maggio 1945 scrive nel suo diario: Il giorno della vittoria degli Alleati.
Willi Baumeister comprende rapidamente che il suo timore di non poter mai più lavorare ed esporre pubblicamente non ha più ragion d'essere. Con grande impeto affronta un nuovo inizio dal 1945 al 1949, cosciente della sua responsabilità come artista, docente e teorico.